U Hrvatskoj je za isplatu jedne stipendije studentu za diplomski ili doktorski studij potrebno izdvojiti državi iznos u visini još jedne stipendije na ime doprinosa, poreza i prireza.
Slikovito prikazano, pravna ili fizička osoba koja dodjeljuje jednu neto stipendiju (iz sredstava izvan državnog proračuna) za diplomski ili doktorski studij u iznosu od 35.000,00 kn za državu mora izdvojiti još 33.000,00 kn na ime doprinosa, poreza i prireza. Postojeći porezni propisi izostavljaju stipendije za diplomske i doktorske studije u Hrvatskoj i inozemstvu, zbog čega za takve stipendije ne postoje porezne olakšice te su one u potpunosti oporezive (za sredstva izvan državnog proračuna).
Stoga Institut za razvoj obrazovanja, uz potporu Rektorskog zbora visokih učilišta RH koji čine sva javna sveučilišta u Republici Hrvatskoj, predlaže da se u Pravilnik o porezu na dohodak uvede kategorija stipendija za diplomske i doktorske studije u Hrvatskoj i inozemstvu koje isplaćuju zaklade i koje moraju biti izuzete od oporezivanja.
Ovo je neophodno jer se prihvaćanjem Bolonjskog procesa i ulaskom Hrvatske u programe akademske mobilnosti EU hrvatskim studentima otvara mogućnost semestralnog ili cjelovitog studiranja na europskim sveučilištima, što Hrvatska kao buduća članica EU želi poticati. Isto tako, današnji društveni i gospodarski razvoj nameće stalno učenje i usavršavanje kao nužnost, pa diplomski i doktorski studiji više nisu izuzetak nego postaju pravilo.
Dodatno, Pravilnik o porezu na dohodak propisuje novčani neoporezivi dio stipendija u iznosu od 1.600,00 kn, odnosno samo "iznimno" 4.000,00 kn (pri čemu kriteriji za takve iznimne slučajeve nisu posve jasno navedeni). Institut za razvoj obrazovanja ovo smatra ograničavajućim faktorom kod donošenja odluka o visini dodijeljenih sredstava za stipendije, jer se time izbjegava dodjela stipendija iznad neoporezivog iznosa.
Zbog velikog iznosa poreza i doprinosa na stipendije izbjegava se odobravanje stipendija u zatraženoj i stvarno potrebnoj visini. Isto tako, dodjelom stipendija u nedostatnom iznosu ne potiče se izvrsnost u društvu i ne doprinosi društvu znanja, budući da vrhunsko školovanje danas iziskuje financijska sredstva znatno iznad pravilnikom propisanih iznosa.
Usvajanjem navedenog prijedloga država bi omogućila povećano izdvajanje za stipendiranje, povećala bi broj dostupnih stipendija i njihov iznos te bi na taj način aktivno poticala izgradnju društva znanja, ali i dobila visokoobrazovan, konkurentan i kvalitetan kadar, neophodan za brži društveni i gospodarski razvoj.